Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính – Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh

Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính: Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh

Ngày 01/7/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 247/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.

Nghị định 247/2025/NĐ-CP quy định chi tiết và sửa đổi, bổ sung một số nội dung liên quan đến:

• Đối tượng nộp phí, lệ phí theo quy định tại Điều 3 Thông tư số 86/2025/TT-BTC, làm rõ phạm vi áp dụng đối với tổ chức, cá nhân thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa, phương tiện vận tải xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh.
• Mức thu phí và lệ phí hải quan quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư, bảo đảm phù hợp với yêu cầu cải cách thủ tục hành chính, giảm chi phí cho doanh nghiệp và tuân thủ cam kết quốc tế của Việt Nam trong lĩnh vực thương mại và vận tải xuyên biên giới.
• Chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí hải quan theo quy định tại Điều 5, Điều 6 và Điều 7, trong đó nhấn mạnh việc thu, nộp bằng phương thức điện tử và kết nối dữ liệu với Cổng thông tin một cửa quốc gia.
• Sửa đổi, bổ sung quy định về ủy nhiệm thu và phân chia nguồn thu giữa ngân sách trung ương và địa phương nhằm bảo đảm tính minh bạch, thống nhất và nâng cao hiệu quả quản lý tài chính công. Bổ sung quy định về miễn, giảm phí và lệ phí hải quan trong một số trường hợp đặc biệt (hàng viện trợ nhân đạo, hàng hóa phục vụ an ninh – quốc phòng, nghiên cứu khoa học hoặc mục đích phi thương mại khác).

Đối tượng áp dụng của Nghị định 247/2025/NĐ-CP bao gồm:

• Tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh hoặc phương tiện vận tải quá cảnh thực hiện thủ tục hải quan tại Việt Nam.
• Cơ quan hải quan, tổ chức được ủy nhiệm thu phí, lệ phí hải quan theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và phí, lệ phí.
• Các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.

Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính: Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh

Một số điểm quan trọng cần lưu ý trong Thông tư số 86/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính: Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh

1. Đối tượng và phạm vi áp dụng

Theo Điều 2 của Thông tư 86/2025/TT-BTC:

• Người nộp phí, lệ phí gồm:

  • Tổ chức, cá nhân có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;

  • Tổ chức, cá nhân có phương tiện vận tải quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam;

  • Cơ quan, tổ chức được ủy quyền khai hải quan thay.

• Cơ quan thu phí: Tổng cục Hải quan và các đơn vị trực thuộc, được ủy quyền thu phí hải quan, lệ phí quá cảnh thông qua Hệ thống dịch vụ công trực tuyến hải quan.

=> Điểm mới: Toàn bộ hoạt động thu, nộp, quyết toán được thực hiện điện tử 100%, không còn chứng từ nộp phí bằng tiền mặt tại Chi cục Hải quan.

2. Mức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh

Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định rõ mức thu theo biểu phí mới, điều chỉnh theo hướng giảm nhẹ cho hàng hóa thương mại điện tử, tăng đối với dịch vụ chuyên biệt có chi phí quản lý cao.

Bảng 1. Mức thu phí hải quan (Điều 4 Thông tư 86/2025/TT-BTC)

=> Nhấn mạnh: Thông tư này khuyến khích mạnh việc thực hiện thủ tục điện tử. Các doanh nghiệp sử dụng hệ thống VNACCS (hải quan điện tử Nhật–Việt) sẽ được miễn phí toàn bộ phí khai báo.

Bảng 2. Lệ phí hàng hóa và phương tiện vận tải quá cảnh (Điều 5)

3. Phương thức thu và chứng từ thanh toán phí, lệ phí

Theo Điều 7 Thông tư 86/2025/TT-BTC, việc thu, nộp phí và lệ phí phải thực hiện bằng phương thức thanh toán không dùng tiền mặt, tương tự nguyên tắc trong Nghị định 181/2025/NĐ-CP về thuế GTGT.

Cụ thể:

• Các hình thức thanh toán hợp lệ gồm:

  • Chuyển khoản ngân hàng, ủy nhiệm chi, ví điện tử doanh nghiệp;

  • Thanh toán qua Cổng thanh toán quốc gia (NAPAS, VNPay, ViettelMoney);

  • Không chấp nhận hình thức nộp tiền mặt tại Chi cục Hải quan.

• Mọi chứng từ nộp phí đều được cấp biên lai điện tử theo mẫu số 01/BLP-2025 trên hệ thống hải quan.

• Trường hợp nộp nhầm, nộp thừa → hoàn phí tự động trong vòng 3 ngày làm việc qua tài khoản điện tử doanh nghiệp.

4. Quản lý, kê khai và quyết toán phí, lệ phí

– Tổng cục Hải quan có trách nhiệm:

• Mở Tài khoản chuyên thu phí, lệ phí tại Kho bạc Nhà nước;
• Thực hiện báo cáo thu, nộp hằng quý gửi Bộ Tài chính qua hệ thống TABMIS;
• 100% dữ liệu thu phí được liên thông với hệ thống hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế.

– Cơ quan hải quan địa phương được trích lại 15% tổng số phí, lệ phí thu được để:

• Trang trải chi phí duy trì hệ thống công nghệ thông tin;
• Chi trả công tác phí, chi quản lý thu;
• Phần còn lại (85%) nộp toàn bộ vào ngân sách nhà nước.

5. Một số trường hợp miễn, giảm phí, lệ phí

Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định 05 trường hợp miễn phí, lệ phí (Điều 8), bao gồm:

1. Hàng hóa viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại;

2. Hàng hóa tạm nhập – tái xuất, tạm xuất – tái nhập phục vụ hội chợ, triển lãm, trình diễn sản phẩm;

3. Hàng hóa, phương tiện của cơ quan đại diện ngoại giao, tổ chức quốc tế theo điều ước quốc tế;

4. Hàng hóa xuất nhập khẩu phục vụ quốc phòng, an ninh;

5. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua biên giới bằng thủ tục hải quan điện tử loại hình ưu tiên (AEO).

6. Một số điểm cần lưu ý và tránh hiểu sai